Nació el 3 de junio de 1907 en Lares. Estudió su bachillerato en la Universidad de Puerto Rico, y allí mismo obtuvo su maestría en Artes. Luego, estudió su doctorado en Filosofía y Letras en la Universidad Central de Madrid.

Durante los años de 1920, se unió a un movimiento conocido como atalayismo, grupo de carácter político relacionado con el separatismo revolucionario de Albizu Campos. En esta época, colaboró con El Imparcial, Alma Latina y Gráfico de Puerto Rico. Además, publicó su obra Nuestra aventura literaria y su poemario Niebla lírica (1931) con rasgos de neorromanticismo.

Según la crítica, durante los años de la década de 1940, Hernández Aquino se convirtió en uno de los poetas puertorriqueños más importantes, con su poemario Poemas de la vida breve, en el que se manifiesta su madurez formal y temática. En esta época, fundó el movimiento integralista, el cual perseguía la afirmación de lo puertorriqueño a través de la poesía, y cuyo órgano de publicación fue la revista literaria El Día Estético, que luego se llamaría Ínsula. Publicó en el 1943 el poemario Isla para la angustia, muestra de los planteamientos del integralismo.

Fundó la revista de poesía Bayoán. Durante su estadía en Madrid, escribió para varias revistas prestigiosas y publicó su antología Nueva poesía de Puerto Rico y su poemario Memoria de Castilla.

En 1960, publicó Del tiempo cotidiano, poemas del diario vivir. En su poemario Entre la elegía y el réquiem, publicado en el 1968, proyecta su amor a la tierra natal con tono de protesta, de deseo de libertad, y resume la vida política de Puerto Rico, incluyendo la insurrección de Lares de 1868.

En 1969, publicó el Diccionario de voces indígenas de Puerto Rico. En 1971, publicó Tres poemas indígenas, poemario en el cual utiliza vocablos indígenas.  En 1974, se publicó una Antología poética que reúne las piezas más representativas de este autor puertorriqueño desde 1925 hasta  1971.

Fue catedrático de la Universidad de Puerto Rico en los recintos de Mayagüez y de Río Piedras. Al jubilarse de la cátedra, continuó publicando su columna "Apuntes lingüísticos" en el periódico El Mundo, hasta su fallecimiento el 28 de abril de 1988.