Francisco J. Amy nació el 2 de agosto de 1837 en Arroyo. Estudió en la Episcopal Academy de Cheshire, Connecticut. Con sólo diecisiete años, enseñaba inglés y español y colaboraba para el Waverly Magazine y otros periódicos y revistas de Nueva Inglaterra, los cuales eran producciones muy conocidas en los círculos intelectuales de ese lugar.

En 1858, regresó a Puerto Rico, pero no toleró el régimen colonial español en la Isla. Esto se debió a que ya había vivido y conocido la libertad de los Estados Unidos, en donde se naturalizó como ciudadano de ese país.

Luego, Amy regresó a Puerto Rico, y se estableció en Ponce. Allí fundó, junto con Zeno Gandía, una revista de carácter literario y científico: El Estudio.  Además, publicó Ecos y notas, una colección de sus poemas, en la que incluyen algunas de sus traducciones de esta época.

En 1888, regresó a Estados Unidos y trabajó como periodista.  Publicó en Nueva York La Gaceta Ilustrada; colaboraba, además, para algunos periódicos, en los que escribía tanto en inglés como en español.    

Luego de la invasión norteamericana, se desempeñó como traductor oficial del Gobierno. En New York, publicó Letras de molde, un libro de versos y prosas. También tradujo al inglés El sombrero de tres picos, con el título de The Cocked Hat. 

Su libro Predicar en el desierto, el cual fue escrito a finales del siglo XIX, está compuesto por artículos y versos de crítica literaria y política. Su estilo es neoclásico, sin muchos vuelos líricos.  Su obra es bilingüe, y obtuvo un gran reconocimiento por parte de la crítica literaria. Musa bilingüe es su obra más importante, de acuerdo con la crítica  puertorriqueña. Es un texto muy original, en el que recoge traducciones, en forma antológica, de poemas iberoamericanos; sin duda, una gran aportación a las letras del mundo entero.  También lo hizo a la inversa: tomó poemas anglosajones y los tradujo al español.  Tradujo a figuras de renombre, como Bryant, Longfellow, Whittier, Whitman y Stedman.  Además, tradujo a los  ingleses Moore y Hood, entre otros. 

Murió en San Juan el 30 de noviembre de 1912.